公元1398年，朱元璋去世，皇太孙朱允炆即位。

朱允炆用齐泰、黄子澄之议削藩，不到一年时间，众多藩王先后被废。1399年，朱棣以清君侧的名义起兵，发动“靖难之役”。1402年燕师攻下南京，建文帝朱允炆不知所终。朱棣即皇帝位，年号永乐。大学士方孝孺因不愿投降，被诛十族，一千多人受牵连，其它建文朝的旧臣也有很多被杀被诛九族。1421年,朱棣将明朝首都迁到北京。朱棣五征漠北、南征安南，派郑和下西洋，修撰《永乐大典》等典籍，为当时政治、经济、军事、文化等方面的发展奠定了思想和组织基础。

朱棣在位时期，完善了文官制度，在朝廷中逐渐形成了后来内阁制度的雏形。1424年，朱棣死于北征回师途中的榆木川，太子朱高炽即位。

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